2022年是不平凡的一年,，神州大地新冠疫情此起彼伏,，從未間斷,。嘉興作為長三角城市群重要城市，交通便利,，人員流動大，面臨的疫情輸入風(fēng)險極高,。一年下來,，大大小小的疫情已達幾十起。新冠奧密克戎毒株臨床癥狀不典型,，并且存在隱匿傳播,，病毒的種種特征為流行病學(xué)的調(diào)查帶來了極大的難度。為了克服這種困難,，只好從分子流行病學(xué)的角度入手,。為了給現(xiàn)場流調(diào)提供實驗數(shù)據(jù)支撐，嘉興市疾病預(yù)防控制中心微生物檢驗科開展了三代測序數(shù)十余次,，測序標(biāo)本300余份,，獲得完整新冠病毒全基因組序列近150條。為快速準(zhǔn)確的鎖定傳染源,，分析傳播路徑提供了大量的分子流行病學(xué)證據(jù),。
一、面對重重疫情,，中心實驗室抽絲剝繭,，還原傳播真相。
今年2月起,，嘉興周邊地區(qū)新冠肺炎陽性感染者呈迅猛增長之勢,，讓地處長三角腹地的嘉興危機重重。但是詭譎的新冠病毒還是以迅雷不及掩耳之勢撕開了嘉興的防線,。2022年3月5日,，嘉善縣在“愿檢盡檢”中檢出1例本地新冠肺炎陽性感染者,。由于來源不明,，嘉興市疾控中心領(lǐng)導(dǎo)要求第一時間開展病毒基因測序。微生物檢驗科工作人員立即響應(yīng),，開展病毒全基因組三代測序,，證實為新冠病毒奧密克戎變異株BA.2.2分支，為外省輸入引發(fā)的嘉興本土首起奧密克戎新冠疫情病例,，自此,，嘉興全市開始出現(xiàn)了新冠奧密克戎株疫情多點散發(fā)的態(tài)勢。
3月11日,，海寧市許村鎮(zhèn)檢出本地新冠肺炎陽性感染者,。3月13日，平湖市通報1例新冠肺炎感染者。3月28日,，嘉興經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)再報告新增4例陽性感染者,，且與水果市場和蔬菜批發(fā)交易市場相關(guān)。嘉興各地 “戰(zhàn)事”不斷,，為了給疫情溯源提供線索,，疾控中心檢驗科的工作人員基因測序工作就一直沒有停過。僅3月份就開展了11個批次測序,，成功獲得98條病毒全基因組序列,，并將部分序列提交GIASID全球共享基因庫。由于測序工作步驟繁瑣,，周期長,，每一步的操作細節(jié)都會直接影響后續(xù)結(jié)果，對于工作人員的身心都是巨大考驗,。但是為了獲取“第一手資料”,，工作人員往往是放棄休息，開夜工,，連續(xù)作戰(zhàn),，全力以赴開展新冠病毒基因測序。
5月初,，正值小長假,，嘉善縣又突發(fā)疫情，5月1日,，5月3日,，5月8日分別爆發(fā)了三起疫情，并且涉及學(xué)校等重點場所,。傳染來源不明,，鏈條不清晰，給現(xiàn)場流行病學(xué)的處置帶來極大困難,。中心檢驗科同事分別對3起疫情的人員做了三代測序,。通過對病毒全基因組序列變異位點的精準(zhǔn)分析，判定3起疫情為相互獨立的事件,，解決了現(xiàn)場流調(diào)工作中的難點與疑點,，為現(xiàn)場流調(diào)工作捋清了思路。10月24日,，中心實驗室又檢測出新的突變株BF.7,，為及時追蹤病毒變異提供了方向。
二,、邊戰(zhàn)邊練,，持續(xù)加強測序,、溯源比對，生信分析的能力提升,。
三代測序是近些年測序領(lǐng)域發(fā)展起來的新技術(shù),，具有讀長較長，測序時間短等特點,。中心微生物檢驗科通過學(xué)習(xí)和實踐快速掌握了這項較為復(fù)雜的技術(shù),，并且能夠通過生信分析對序列開展比對和溯源?；驕y序是對流行病學(xué)調(diào)查的充分補充,，能夠“透過現(xiàn)象看本質(zhì)”。在流調(diào)數(shù)據(jù)不完整的情況下,，能為分析疫情傳播鏈起到關(guān)鍵作用,。
每一次接到任務(wù)，檢驗科的工作人員都是馬不停蹄地開始實驗,。試劑準(zhǔn)備,，基因擴增，文庫構(gòu)建,，上機測序,，每個步驟都要求工作人員做到“無縫銜接”。做完實驗,，都已經(jīng)是后半夜,，但是工作人員還是不能停歇，因為后續(xù)的數(shù)據(jù)分析同樣非常關(guān)鍵,。通過序列拼接,，生物信息學(xué)分析以及同源性比對等工作。搞清了傳染來源,，理清了傳播鏈條,，工作才算真正結(jié)束。
一份份鼻咽拭子標(biāo)本,，一條條準(zhǔn)確無誤的基因序列是工作人員日夜奮戰(zhàn)的“戰(zhàn)疫”成果,。通過全基因組測序，不僅使病毒基因內(nèi)部細節(jié)得以重現(xiàn),，同時幫助流調(diào)人員梳理傳播鏈條,，迅速排查潛在的風(fēng)險，精準(zhǔn)鎖定密接人員,，在一次次的嘉興疫情防控阻擊戰(zhàn)中發(fā)揮了分子追溯、精準(zhǔn)防控的突出作用,，為病例的流行病學(xué)調(diào)查提供了強有力的技術(shù)支撐,。（微生物檢驗科 呂沈聰）